Boujailles est située sur une zone de plateaux du Jura dont l'altitude est de 800/900 mètres. Le sol est constitué de terrains calcaires érodés et formant par endroit des dolines. Néanmoins, le territoire de cette commune comprend aussi une vaste étendue de terrains cultivables, de faible déclivité, ainsi que de pâturages. Le village est implanté au cœur d'une cuvette, laquelle est entourée de forêts de conifères, dont la forêt de la Joux, une très belle sapinière.